入力方式上，空きがあるキー組合わせ(ニコタッチでいうと「2」「6」や「3」「6」など)に任意のキーコードを割り当て，PQzIIやSortInchKeyでそのキーコード送信にアプリケーション起動のアクションを当てる．．．ま，早い話がEasyClipなどを起動して記号や顔文字を入力したり，コピペできるようになっています。
おそらくスクリプトのテキストファイルに目を通してもられえばどこに手を加えればいいのかわかると思います(･_･)
現在ntも2tもIMEを自動的にONにすることができません。 なのでIMEがOFFの場合，「漢字」キーによりIMEをONにしていただく必要があります。 ※そこでアイコンでIME起動状態が確認できる「PQzII」の導入をお勧めしています。
おそらくこの問題は完全に解決するのは難しいかなぁと。
次に「あ/ぁ A/a は→ば→ぱ」キー押下時の挙動についてですがその前に。
まずntも2tも日本語入力状態がONになっている前提でのローマ字入力を行う仕組みにしています。
たとえば「な」と入力したい場合「5」「1」と入力すると，「n」キー，「a」キーを順に送信する処理をスクリプトが行うわけです。 なのでアルファベットの「a」を入力したい場合も，かなの「あ」を入力したい場合もスクリプトが行うのは「a」キーの送信というまったく同じ処理だったりします(^^; スクリプト内で日本語入力モードなどを完全にコントロールできれば良いのですが，まだ実現できない状態です。(状態は取得できるけど設定できないんですよねぇ．．．。)
んで「あ/ぁ A/a は→ば→ぱ」キー押下時の挙動について。 キーを押した場合の処理は以下のようになります。
(1)「BS」をキーを一回押下げ
(2)直前に入力していた文字に対応する小文字/濁音/半濁音(または逆に大文字/清音)をキー入力
となっています。 これはかなについてはIMEがONになっているという前提での処理なので，IMEがOFFの状態で実行されるとご指摘の状態になってしまいます。
「ぜ」の入力のときを例にして説明すると，IMEがONになっている状態だと(1)で消去されるのが「せ」という文字になりますが，IMEがOFFの状態だと「s」「e」と入力したうちの「e」だけになってしまいます。 そこに(2)で「se」に対応した濁音の「z」「e」を送信するため「nasze」となってしまうわけです。 ま，今のところ仕様ということです。
ということで，日本語を入力する際はIMEがOFFだったら「漢字」キーでONにして使用していただくのが解決法となります。 もし修正できたらそれをアップしますが多分難しいかなぁと．．．。
